Souvent interdites dans les villes, elles étaient encore combattue par des ennemis acharnés et l’emprisonnement menaçait souvent les inoculateurs, relate Croullebois :
« Vers la fin de l’année 1770, il (Girod) avait inoculé un grand nombre de personnes de Salins et Besançon, l’épidémie de petite vérole régna encore quelque temps mais un examen très scrupuleux lui prouva qu’il n’y avait point de récidive. »
Mais la controverse de l’antique faculté parisienne est relancée par le Dr Bruand de Besançon. La critique porte sur le nombre des inoculés et sur l’hérésie d’oser inoculer la maladie à des biens portants car, malheureusement, il est vrai que des décès surviennent. Sont-ils systématiquement le fait d’inoculations inopportunes ? Les causes ne sont pas aussi simples que l’affirment les détracteurs de l’inoculation.
Les attaques contre lui cesseront pour un temps lorsqu’il citera les enregistrements officiels des inoculations pratiquées dans le Haut-Doubs et le Val de Mièges (effectivement, les états identifient trois personnes décédées sur 1700 inoculés).
Toute sa vie, il dut faire face à l’ignorance et à la mauvaise foi. Ainsi, la rumeur prétendra que le nombre des décès à l’issue des inoculations est fallacieux, et que les inoculés meurent prématurément. Il fit un deuxième voyage en Angleterre d’où il ramena les preuves chiffrées du bien-fondé de l’inoculation. Dans des archives familiales à Mignovillard, on trouve des livres de l’anglais Guillaume Buchan du Collège royal des médecins d’Edimbourg. Le tome II « Médecine Domestique » édité vers 1785 rassemble des arguments probants et les statistiques de l’époque.
